Церковь Иоанна Богослова, относится к строениям Генуэзской крепости, была построена в XIV–ХV веках. Храм является типичным армянским культовым строением и создан в духе аналогичных церквей на территории Армении и Крыма.
Церковь Иоанна Богослова не отличается значительным количеством декоративных элементов — они сохранились лишь над дверью внутреннего дворика (орнамент, крестыхачкары). Благодаря своеобразной архитектуре, храм Иоанна Богослова обладает очень хорошей акустикой.
Храм представляет собой сооружение зального типа, перекрытое полукруглым сводом и арками. Проемы дверей обрамлены профилированными наличниками с резьбой. Стены церкви Святого Иоанна Богослова, покрытые по сводам каменными плитами, сложены из бутового камня; своды, арки, пилястры, наличники окон и дверей — из тесаных плит известняка; швы между плитами тщательно затерты. По периметру всех стен храма идет каменная скамья. С западной стороны к церкви примыкает притвор (достройка к церкви).
К церкви Иоанна Богослова примыкают остатки еще более древнего храма, а также небольшой внутренний дворик, в котором располагаются полуразрушенные колонны.
Раньше храм назывался - Св. Иоанна Евангелиста. В настоящее время закрыт для свободного посещения. Последние реставрационные работы в церкви Святого Иоанна Богослова были проведены в 1977 году.
